L'ex monastero benedettino di Sant'Apollonia, eretto tra XII e XIII secolo, divenne nel 1473 domicilio del capo del clero della Cappella Ducale di San Marco, il Primicerio, fino al 1821 quando, con il governo austriaco,fusede dell'Imperial Regio Tribunale Criminale. In questo periodo, Lorenzo Santi, l'architetto del Palazzo Patriarcale, rifece parte della facciata sul rio.
Quando Venezia fu annessa al Regno d'Italia, il complesso divenne sede di vari uffici statali, ma anche ridotto in disastrose condizioni. Nel 1964, grazie al patriarca Roncalli, futuro Papa Giovanni XXIII, la Procuratoria di San Marco riscattò l'ex convento dal Demanio, sottoponendolo ad accurati restauri curati degli architetti Ferdinando Forlati negli anni '60 e Marino Vallot nel decennio successivo.
Sotto l'egida di un altro Patriarca, il Cardinale Luciani, poi papa Giovanni Paolo I, prese forma l'idea di realizzare un Museo Diocesano per l'Arte Sacra che verrà costituito nel 1976.
Il complesso monumentale è ora sede del Lapidario Marciano, del Museo Diocesano d'Arte Sacra e dell'Archivio Storico Patriarcale. Il suggestivo chiostro presenta forme romaniche di terraferma, eccezionali a Venezia, un porticato con archetti a doppia ghiera sostenuti da tozze colonne sui lati minori e da colonnine binate sui maggiori. Al centro del chiostro si trova una duecentesca vera da pozzo a cubo scantonato. Tutt'intorno alle pareti ha trovato sistemazione dal 1969 il Lapidario Marciano, raccolta di frammenti decorativi romani e bizantini, o di fattura veneto-bizantina (IX-XI sec.), in gran parte già ornamento dell'antica basilica di San Marco non riutilizzati nella riscostruzione contariniana
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