Capolavoro dell’arte gotica, il Palazzo Ducale si struttura in una grandiosa stratificazione di elementi costruttivi e ornamentali: dalle antiche fondazioni all’assetto tre-quattrocentesco dell’insieme, ai cospicui inserti rinascimentali, ai fastosi segni manieristici. Esso è formato da tre grandi corpi di fabbrica che hanno inglobato e unificato precedenti costruzioni:
L’ala verso il Bacino di San Marco (che contiene la Sala del Maggior Consiglio) e che è la più antica, ricostruita a partire dal 1340;
L’ala verso la Piazza (già Palazzo di Giustizia) con la Sala dello Scrutinio, la cui realizzazione nelle forme attuali inizia a partire dal 1424;
Sul lato opposto, l’ala rinascimentale, con la residenza del doge e molti uffici del governo, ricostruita tra il 1483 e il 1565.
L’ingresso per il pubblico di Palazzo Ducale è la Porta del Frumento,(così chiamato perchè vi si trovava accanto l'"Ufficio delle Biade") che si apre sotto il porticato della facciata trecentesca prospiciente il Bacino San Marco. Al piano terra sono ospitati i servizi al pubblico e il Museo dell'Opera; l'area delle antiche cucine del Doge, che oggi ospita anche la caffetteria, è attrezzata per ospitare mostre temporanee.
Il percorso verso le sale superiori del palazzo passa innanzitutto attraverso lo straordinario cortile, e prosegue con il Pinao delle Logge e con la visita delle preziose stanze dell'Appartamento Ducale, al primo piano, e delle Stanze Istiruzionali che si sviluppano tra il secondo piano e il piano delle Logge, per concludersi infine con la visita all'Armeria e alle Prigioni.
Sono questi gli itinerari proposti dal Museo, che non seguono linearmente i singoli piani del palazzo, ma delineano al suo interno un percorso che sale e scende attraversandoli più volte. La numerazione delle sale qui indicata segue lo stesso ordine.
Ci sono poi gli itinerari Segreti, che non fanno parte del normale percorso del Palazzo, ma sono visitabili solo a condizioni particolari.